Predsednika Zveze slovenskih glasbenih šol izvolijo člani na volilni skupščini. Predsednik predstavlja in zastopa Zvezo slovenskih glasbenih šol in je odgovoren za zakonitost dela Zveze slovenskih glasbenih šol. V njegovi odsotnosti ga nadomešča podpredsednik.

Vodenje ZSGŠ je 21. januarja 2021 kot predsednica prevzela Radmila Bikić Magdić, ravnateljica Glasbene šole Slovenska Bistrica.